El Museo combina la investigación y difusión de la riqueza natural que posee el Perú.
La investigación es cumplida por los docentes investigadores en cada uno de los departamentos en que se encuentra dividido la estructura organizativa del Museo de Historia Natural, y que son las áreas académicas especializadas, las mismas que trabajan con las Colecciones Científicas del Museo. Estas dependencias académicas que se encuentran ubicadas alrededor del edificio central del Museo, se centran en las investigaciones sobre taxonomía, ecología y biogeografía.
La labor difusión de Museo se realiza a través de sus salas de exhibición, conferencias y publicaciones. El Museo ofrece al público visitante, mediante sus salas de exhibiciones, un panorama general de la diversidad de formas de vida y gea del Perú, tanto actuales como pasadas. Asimismo, nos muestra paisajes de los ambientes naturales del Perú mediante dioramas. Las salas de exhibición con que cuenta el Museo son: Mamíferos, Primates, Invertebrados, Reptiles y Anfibios, Aves, Botánica, Fósiles, Dinosaurios, Peces, y Minerales
El Museo de Historia Natural, fundado el 28 de febrero de 1918, es una dependencia del Rectorado de la Universidad encargada de colectar, investigar y exhibir organismos y muestras representativas del Patrimonio Natural del Perú y de la humanidad en lo referente a Flore, Fauna y Gea, a fin de generar conocimiento científico e impartirlo a todo nivel. Los ejemplares de tales muestras se estudian, conservan y custodian en el Museo, formando Colecciones Científicas Especializadas.
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